# index assembly.chromosome start1 end1 assembly.chromosome start2 end2

0 hg19.chr1 24013424 24013705 panTro3.chr1 23699791 23700072
1 hg19.chr1 27446496 27446646 panTro3.chr1 27125695 27125846
2 hg19.chr1 35359081 35359510 panTro3.chr1 35082073 35082501
3 hg19.chr1 39370716 39370771 panTro3.chr1 39141192 39141247
4 hg19.chr1 44059415 44059885 panTro3.chr1 43908990 43909456
5 hg19.chr1 157948044 157948275 panTro3.chr1 136300688 136300919
6 hg19.chr2 3510663 3510888 panTro3.chr1 5062138 5062363
7 hg19.chr2 56290516 56291211 panTro3.chr1 56929868 56930564
8 hg19.chr2 57579388 57581335 panTro3.chr1 58207936 58209891
9 hg19.chr2 85792690 85792738 panTro3.chr1 86751156 86751204
10 hg19.chr2 108714135 108715228 panTro3.chr1 108359095 108360204
11 hg19.chr2 117708145 117708208 panTro3.chr1 117511495 117511558
12 hg19.chr2 120908691 120909112 panTro3.chr1 120722765 120723184
13 hg19.chr2 125644748 125644785 panTro3.chr2B 125448801 125448838
14 hg19.chr2 128124442 128124625 panTro3.chr2B 128061647 128061830
15 hg19.chr2 175488308 175488594 panTro3.chr2B 179074434 179074720
16 hg19.chr2 182968925 182969687 panTro3.chr2B 186649980 186650739
17 hg19.chr2 203451347 203451491 panTro3.chr2B 207369606 207369750
18 hg19.chr2 241639785 241640285 panTro3.chr2B 246029457 246029957
19 hg19.chr3 8101027 8101183 panTro3.chr2B 8225615 8225772
20 hg19.chr3 28456350 28458528 panTro3.chr2B 28854830 28857004
21 hg19.chr3 33582813 33583094 panTro3.chr2B 34088836 34089116
22 hg19.chr3 44741157 44742026 panTro3.chr3 45367205 45368077
23 hg19.chr3 57001723 57001782 panTro3.chr3 57844869 57844928
24 hg19.chr3 96057161 96057247 panTro3.chr3 99390963 99391049
25 hg19.chr3 159306271 159306982 panTro3.chr3 163365768 163366478
26 hg19.chr3 189242810 189243012 panTro3.chr3 193598323 193598525
27 hg19.chr4 484365 484448 panTro3.chr3 503166 503249
28 hg19.chr4 20156824 20156963 panTro3.chr3 20006532 20006671
29 hg19.chr4 34219730 34220035 panTro3.chr3 34157364 34157669
30 hg19.chr4 137647263 137649424 panTro3.chr3 139413443 139415602
31 hg19.chr4 138082773 138082901 panTro3.chr3 139856199 139856327
32 hg19.chr4 160294165 160294616 panTro3.chr3 162478233 162478684
33 hg19.chr4 167400746 167400816 panTro3.chr3 169590121 169590191
34 hg19.chr4 181511351 181511443 panTro3.chr3 183899577 183899669
35 hg19.chr5 5744075 5744558 panTro3.chr3 5822542 5823025
36 hg19.chr5 69964869 69964952 panTro3.chr5 44271750 44271833
37 hg19.chr5 117479721 117479791 panTro3.chr5 118676249 118676319
38 hg19.chr5 130208554 130209725 panTro3.chr5 131530758 131531929
39 hg19.chr5 133820012 133820136 panTro3.chr5 135159535 135159659
40 hg19.chr5 153587237 153587273 panTro3.chr5 155052885 155052921
41 hg19.chr5 168537396 168538229 panTro3.chr5 170123450 170124283
42 hg19.chr5 171885445 171885601 panTro3.chr5 173479820 173479976
43 hg19.chr5 173726450 173726684 panTro3.chr5 175344853 175345087
44 hg19.chr6 9462447 9462812 panTro3.chr6 9535211 9535576
45 hg19.chr6 48333080 48334826 panTro3.chr6 49053489 49055234
46 hg19.chr6 56090635 56090738 panTro3.chr6 56995914 56996017
47 hg19.chr6 69402517 69402610 panTro3.chr6 68980455 68980548
48 hg19.chr6 86921040 86921834 panTro3.chr6 86791186 86791979
49 hg19.chr6 89923634 89923941 panTro3.chr6 89850922 89851229
50 hg19.chr6 126733699 126734287 panTro3.chr6 127671908 127672495
51 hg19.chr6 142071365 142071781 panTro3.chr6 143158470 143158886
52 hg19.chr7 5552029 5552072 panTro3.chr6 4182110 4182153
53 hg19.chr7 7353030 7353605 panTro3.chr6 5934719 5935294
54 hg19.chr7 64596840 64596872 panTro3.chr6 63356707 63356739
55 hg19.chr7 86179757 86180166 panTro3.chr6 87066362 87066772
56 hg19.chr7 113365411 113365615 panTro3.chr6 115207182 115207386
57 hg19.chr7 116119077 116119348 panTro3.chr6 117970021 117970292
58 hg19.chr7 138514962 138515307 panTro3.chr6 140321159 140321502
59 hg19.chr8 3696330 3696388 panTro3.chr6 3725841 3725899
60 hg19.chr8 38747412 38747641 panTro3.chr6 35438199 35438425
61 hg19.chr8 47233875 47234208 panTro3.chr8 43957657 43957990
62 hg19.chr8 48139859 48139894 panTro3.chr8 44815051 44815086
63 hg19.chr8 55450719 55451396 panTro3.chr8 52280316 52280993
64 hg19.chr8 59607761 59608390 panTro3.chr8 56424259 56424888
65 hg19.chr8 70906713 70906755 panTro3.chr8 67871633 67871675
66 hg19.chr8 73023619 73023863 panTro3.chr8 70027493 70027737
67 hg19.chr8 84906956 84907451 panTro3.chr8 82101341 82101837
68 hg19.chr8 85915134 85915872 panTro3.chr8 83124993 83125731
69 hg19.chr8 93039063 93039193 panTro3.chr8 90192290 90192420
70 hg19.chr8 103435616 103435880 panTro3.chr8 100738380 100738644
71 hg19.chr8 108808336 108808544 panTro3.chr8 106193513 106193721
72 hg19.chr8 109170141 109170877 panTro3.chr8 106560821 106561562
73 hg19.chr8 112814935 112815058 panTro3.chr8 110271878 110272001
74 hg19.chr9 28305708 28305814 panTro3.chr8 28657464 28657570
75 hg19.chr9 34071809 34072256 panTro3.chr8 34482423 34482878
76 hg19.chr9 39368554 39369199 panTro3.chr8 39543911 39544557
77 hg19.chr9 76898140 76898388 panTro3.chr8 72857692 72857940
78 hg19.chr9 88478825 88481746 panTro3.chr9 84516205 84519133
79 hg19.chr9 114318093 114318907 panTro3.chr9 110496511 110497328
80 hg19.chr10 59753935 59754454 panTro3.chr9 56325046 56325565
81 hg19.chr10 73163540 73163594 panTro3.chr9 69926486 69926540
82 hg19.chr10 107227530 107227572 panTro3.chr9 104707971 104708013
83 hg19.chr10 118259938 118260374 panTro3.chr9 115927700 115928136
84 hg19.chr10 126475532 126475577 panTro3.chr10 124340537 124340582
85 hg19.chr11 523350 523391 panTro3.chr10 557263 557304
86 hg19.chr11 13565274 13565649 panTro3.chr10 13409155 13409530
87 hg19.chr11 18694078 18694125 panTro3.chr10 18456980 18457027
88 hg19.chr11 42236501 42236542 panTro3.chr10 42299101 42299142
89 hg19.chr11 48745926 48745967 panTro3.chr11 48895126 48895167
90 hg19.chr11 59355729 59355767 panTro3.chr11 57364782 57364820
91 hg19.chr11 98312549 98313284 panTro3.chr11 96269961 96270694
92 hg19.chr11 104410203 104410389 panTro3.chr11 102407328 102407514
93 hg19.chr11 109551737 109552304 panTro3.chr11 107552489 107553056
94 hg19.chr11 130137167 130137307 panTro3.chr11 128290453 128290593
95 hg19.chr12 3489563 3489806 panTro3.chr11 3477682 3477925
96 hg19.chr12 69227331 69227485 panTro3.chr11 68600076 68600230
97 hg19.chr12 84784960 84785030 panTro3.chr12 84465403 84465473
98 hg19.chr12 91802738 91802947 panTro3.chr12 91578818 91579027
99 hg19.chr12 92625205 92625377 panTro3.chr12 92415735 92415907
100 hg19.chr12 95306323 95306481 panTro3.chr12 95145509 95145667
101 hg19.chr12 110525210 110525332 panTro3.chr12 110496600 110496722
102 hg19.chr12 121365224 121365283 panTro3.chr12 121549404 121549463
103 hg19.chr12 127974510 127974626 panTro3.chr12 128387265 128387381
104 hg19.chr13 23713388 23713687 panTro3.chr12 22676377 22676671
105 hg19.chr13 37889411 37891896 panTro3.chr12 36964506 36966997
106 hg19.chr13 59292003 59292591 panTro3.chr12 58396016 58396604
107 hg19.chr13 75098987 75099087 panTro3.chr13 74413201 74414916
108 hg19.chr13 82913598 82913795 panTro3.chr13 82378485 82378682
109 hg19.chr14 69687566 69687619 panTro3.chr14 68399798 68399851
110 hg19.chr14 72273542 72274012 panTro3.chr14 71016503 71016972
111 hg19.chr14 93659426 93659565 panTro3.chr14 92775494 92775633
112 hg19.chr15 26550862 26552303 panTro3.chr14 23809424 23810864
113 hg19.chr15 35628421 35628716 panTro3.chr15 32160499 32160794
114 hg19.chr15 91488888 91489049 panTro3.chr15 88321128 88321289
115 hg19.chr16 21815117 21815157 panTro3.chr15 21826639 21826679
116 hg19.chr16 47827366 47828080 panTro3.chr15 46753833 46754546
117 hg19.chr16 57320195 57320278 panTro3.chr15 56369500 56369583
118 hg19.chr16 58037336 58037422 panTro3.chr15 57097988 57098074
119 hg19.chr16 63407179 63407373 panTro3.chr16 62556676 62556870
120 hg19.chr16 69642195 69642427 panTro3.chr16 68944558 68944790
121 hg19.chr17 52672155 52672237 panTro3.chr17 53248176 53248258
122 hg19.chr17 57342588 57343156 panTro3.chr17 57984171 57984739
123 hg19.chr17 59745515 59745728 panTro3.chr17 60423055 60423268
124 hg19.chr17 63761189 63761397 panTro3.chr17 64410555 64410763
125 hg19.chr17 72486619 72486878 panTro3.chr17 73388499 73388760
126 hg19.chr17 73153683 73154049 panTro3.chr17 74079089 74079456
127 hg19.chr18 59531707 59531772 panTro3.chr17 57967457 57967522
128 hg19.chr18 75920629 75920722 panTro3.chr18 74487319 74487412
129 hg19.chr18 77855497 77856495 panTro3.chr18 76424682 76425681
130 hg19.chr19 4269854 4270676 panTro3.chr18 4293941 4294764
131 hg19.chr19 8621244 8621368 panTro3.chr18 8700947 8701071
132 hg19.chr19 19861934 19862175 panTro3.chr18 20076186 20076427
133 hg19.chr19 24386167 24386208 panTro3.chr19 32251070 32251111
134 hg19.chr19 24582423 24582506 panTro3.chr19 32305943 32306026
135 hg19.chr19 27771360 27771449 panTro3.chr19 32321872 32321961
136 hg19.chr19 27925296 27925337 panTro3.chr19 32478801 32478842
137 hg19.chr19 30187637 30187700 panTro3.chr19 34774955 34775018
138 hg19.chr19 42360435 42360930 panTro3.chr19 46929277 46929775
139 hg19.chr19 54343871 54343938 panTro3.chr19 58756362 58756429
140 hg19.chr20 53718100 53718444 panTro3.chr19 52237271 52237615
141 hg19.chr21 31074396 31074637 panTro3.chr21 15883477 15883718
142 hg19.chr21 44370380 44370454 panTro3.chr21 29001445 29001519
143 hg19.chr21 45690592 45690837 panTro3.chr21 30268078 30268323
144 hg19.chrX 4923400 4923460 panTro3.chr21 4865994 4866054
145 hg19.chrX 8740132 8740690 panTro3.chr21 8667153 8667711
146 hg19.chrX 36902623 36903198 panTro3.chr21 37366877 37367452
147 hg19.chrX 47203900 47203935 panTro3.chrX 47849778 47849813
148 hg19.chrX 52800603 52801744 panTro3.chrX 53360626 53361778
149 hg19.chrX 54994935 54996608 panTro3.chrX 55639746 55641412
150 hg19.chrX 57636709 57636837 panTro3.chrX 58380770 58380898
151 hg19.chrX 65559247 65559463 panTro3.chrX 65972169 65972385
152 hg19.chrX 68186173 68186741 panTro3.chrX 68694229 68694797
153 hg19.chrX 70575303 70575350 panTro3.chrX 71081298 71081345
154 hg19.chrX 86969410 86969472 panTro3.chrX 87712312 87712374
155 hg19.chrX 88805118 88809103 panTro3.chrX 89551897 89555894
156 hg19.chrX 89181417 89181791 panTro3.chrX 89944245 89944660
157 hg19.chrX 91844729 91845031 panTro3.chrX 92646114 92646416
158 hg19.chrX 111818141 111818908 panTro3.chrX 113099522 113100289
159 hg19.chrX 115985788 115986208 panTro3.chrX 117316112 117316532
160 hg19.chrX 116725112 116725159 panTro3.chrX 118037736 118037783
161 hg19.chrX 122979528 122979563 panTro3.chrX 124372900 124372935
162 hg19.chrX 149237185 149237294 panTro3.chrX 150876993 150877102
163 hg19.chrY 5576826 5577202 panTro3.chrX 92646037 92646416